诈欺抗体或核酸适体亲和试剂进行高通量卵白质组学分析越来越多地用于东说念主类商量。然则，零落针对这些平台相对上风和谬误的径直分析。咱们评估了SomaScan1.3K的发现(N=1301试剂），SomaScan5K平台(N=4979试剂），以及Olink Explore(N=1472个试剂）分析时候在568名来自杰克逊腹黑商量的成东说念主和219名传统家眷商量参与者中进行，触及四个方面：精准性、准确性、分析广度和诈欺夺主义临床表型和遗传数据的表型关联。在这些商量中，咱们自满把柄支撑更可靠的卵白质靶向特异性和更多的表型关联，而Soma平台受益于统统这个词卵白质组更高的测量精度和分析广度。
简介高通量卵白质组学分析的出现大大擢升了咱们商量疾病的才调，因为卵白质不仅是疾病的介质，而且是用于会诊和教悔休养的临床生物记号物（举例，B型利钠肽和肌钙卵白）(1–三).以亲和试剂为基础的特异性卵白质的拿获和检测新时候由于其性能特质、本钱和实用性，在血浆卵白质组学中受到越来越多的平和。特地是，使用成对的核苷酸记号抗体探针（Olink）和具有慢速能源学的单链DNA适体试剂（SomaScan）的平台不错已毕数千种卵白质在高样本婉曲量下的高效复用(4–7).诚然与基于液相色谱-质谱（LC-MS）的步履比拟，这些平台具有简化的职责历程，但其代价是缩短了分子表征的特异性(8).诈欺这些亲和平台进行卵白质组学分析也曾在好多队伍商量和临床试验中进行(1，2，9–15).跟着商量东说念主员入手分析这一既定职责的收尾，以及越来越多的商量使用这些平台，了解现存时候的相对上风和谬误至关紧迫。同期，关于这些平台上数千种卵白质中的每一种，相干于金轨范的测试性能的稀少考据受到本钱和时候的收尾。或者，将可用平台与其他平台进行比较，为高婉曲量评估提供了契机。早期的比较受到样本大小和比较时测量的卵白质数目的收尾(16，17)但如实标明了平台性格和再现性的互异。最近，更大的致力来比较这些平台(N=485个类似样本）标明针对统一卵白质的大批试剂之间的接洽性很是差(18).诚然一些互异不错通过多种平台和卵白质因素来解释，但零落对相瞄准确度的评估。需要在径直比较的情况下进一步形色这些平台。
杰克逊腹黑商量（JHS）和传统家眷商量很是适应平台比较。除了在JHS中笃定的好多临床特征外，全基因组测序（WGS）在很大一部分参与者中是可用的，允许评估稀少或祖宗特有的遗传变异对轮回卵白有各式影响。动作一个黑东说念主成年群体，由于非洲血缘的增多，遗传各样性更大(19，20).咱们的小组先前也曾形色了来自JHS的轮回血浆卵白质组的遗传结构，诈欺SomaScan1.3K（1301个适配子，以下简称“Soma1.3K”）平台进行发现，并诈欺Olink Explore（1472个探针，以下简称“Olink”）平台进行考据(21)，将之前在这一规模的商量膨胀到具有大批非洲血缘的群体(13，22–26).诚然之前的职责形色了由这些平台测量的血浆卵白水平的遗传关联，但这些数据提供了一个径直比较这些平台的契机，而不是展示基因-卵白质关系的发现和考据。具体地说，两个平台上的匹配数据不错通过识别影响靶卵白测量水平的靶基因近邻的变体来评估卵白质组试剂的特异性[称为cis卵白定量特征位点（cis-pQTLs）]。因此，咱们分析了JHS参与者的一个子集(N=568）同期使用基于适体和抗体的步履，并将其性能与精准性、准确性、统统这个词卵白质组的分析广度和表型关联性进行比较。在传统家眷商量中，咱们还诈欺该商量中严格的临床表型，比较了219名个体的5000种卵白质的扩增型SomaScan平台（“Soma5K”）和Olink平台。
收尾鉴于在原始Soma1.3K平台上发表了大批的卵白质组学分析数据，咱们领先比较了来自JHS的568个个体的Olink和Soma1.3K平台。平均±SD年事为59±12岁，59%为女性，平均体重指数（BMI）为32±8kg/m2平均揣度肾小球滤过率（eGFR）为83±19ml/min/1.73m2（表S1）。由于每个平台上的某些私有试剂检测换取的卵白质或卵白质多聚体，Olink分析包括1472个私有试剂，映射到1466个惟一的UniProt标志符（ID），而Soma1.3K分析包括1301个私有试剂映射到1297个惟一UniProt ID。平台试剂根据它们的标的UniProt卵白进行匹配，发现591个类似卵白映射到602个Soma1.3K适配子和597个Olink探针(图1和表S2）。这种合并产生了616对私有的Soma1.3K-Olink试剂对。对这些平台进行了比较，特地平和类似卵白，触及四个规模：精密度、准确度、分析广度和表型关联。
图1.JHS分析中每个平台识别的私有卵白质。
Venn图形色了Olink Explore和Soma1.3K平台针对的惟一UniProt ID之间的类似。基于UniProt标的的Olink和Soma1.3K试剂配对识别出616个惟一的试剂对。
在搜检器中掀开精度：变化统统为了评估重复卵白质测量的精密度（即再现性），使用轨范夹杂血浆样本测量每个试剂的变异统统（CV），这些样本包含在每个平台的每个平板上（每个平台使用不同的夹杂血浆）。每个平台测量每个平板88个样本，因此需要多个平板来运行统统样本：批内CV反应给定板内的精度，而组间CV反应板间的精度。如所示图2，诚然两个平台上的大多数卵白质测量值的批间cv低于20%（Olink平台的81%，Soma1.3K平台的99%），但无论是与全平台如故类似卵白质比拟，Soma1.3K的CVs总体较低。Soma1.3K的中位批内CV也低于Olink（10%）。如中所示图2B跟着变异统统的增多，检测组间平均卵白质水平给定百分比互异所需的样本量也会增多。
图2.批内和批间CVs。
(A)所示的CV是针对每个平台上的每种试剂。使用给定分析批次的每个平板上包含的两个轨范夹杂血浆样本算计分析内CV，并在统统平板上取平均值。使用来自7个Olink板的14个夹杂血浆样品和5个Soma1.3K板的10个校准品样品（仅第1批样品）算计批间CV。每个百分位对应的CV自满在图表下方的表格中。具有类似卵白质靶点的试剂以深蓝色杰出自满。(B)所示为每个平台的一系列弧线，自满两组之间平均卵白质水平的互异与检测给定CV的互异所需的样本量之间的关系。每个平台的平均批间变异统统用实线暗意，第5百分位变异统统和第95百分位变异统统用暗影区域的限值暗意。跟着变异统统的增多，检测组间平均卵白质水平给定百分比互异所需的样本量也会增多。
在搜检器中掀开精度：平台接洽性和cis pQTLs为清亮解在职何一种平台上测定给定卵白质的准确性或特异性，无需使用LC-MS黄金轨范，“正交”步履不错提供支撑性把柄。关于少数卵白质，咱们不错将卵白质组学测量收尾与已确立的酶联免疫吸附试验（ELISA；图S1）进行比较，但这些步履仅在少许数情况下可用。当一个卵白质被两个平台测量时，这两个平台之间的高接洽性标明了准确性。统统类似卵白靶点的Spearman接洽漫衍如所示图3A.K-均值聚类法支撑三类试剂配对：高接洽性(N=236个试剂对），介质接洽性(N=173），且接洽性低(N=207）。
图3Olink和Soma1.3K试剂之间的Spearman接洽性，用于测量换取的卵白质。
(A)K-意味着将接洽性分为三个档次的接洽性。(B)彩色条暗意接洽库中每个平台上具有顺式pqtl的卵白质数目，界说为与P<1×10–5个在同源基因转录肇端位点1 Mb内。
在搜检器中掀开诚然不同检测步履之间的高接洽性标明了特异性，但关于接洽性较弱或平台间不类似的卵白质，咱们诈欺WGS数据来匡助进一步了解每种试剂的特异性。如若一个给定平台的卵白质测量值与同源基因近邻的遗传变异（即cis-pQTLs）接洽，这就支撑了卵白质分析的准确性。在JHS的489名参与者中，WGS是可用的，而且在本次分析中使用了一个经过考据的用于变异卵白关联分析匹配的算计管说念，该管说念用于pQTL识别(21).分内析中矍铄出顺式pqtl的好多卵白质也具有先前文件中在欧洲血缘东说念主群中矍铄的cis-pqtl:425个靶卵白先前已知cis-pqtl，尽管这些卵白不一定对Olink或Soma1.3K特异（表S2）。相悖，咱们用这种步履矍铄了373个卵白质靶点的未知顺式pqtl。在Olink平台上的1472种试剂中，595种（40%）不错识别出顺式PQTL，而在Soma1.3K平台上的1301种试剂中，有370种（28%）属于顺式PQTLP<1×10?5（表S2）。在这个阈值下，164对试剂自满两种试剂的顺式pQTL。如若使用全基因组显赫性阈值（5×10?8)，1472种试剂中368种（25%）为Olink试剂，1301种（16%）Soma1.3K试剂中有206种为顺式pqtl。在这个临界值下，98个试剂对都有顺式pqtl。图3B自满匹配试剂在职一平台上的pqtl相干于它们的接洽性。诚然高度接洽的试剂都可能自满顺式pQTL，但接洽性较低的卵白质更可能只自满Olink试剂的顺式pQTL(表1).
集群奥林克体质料1.3KOlink和Soma1.3K都不是算计低接洽性661319109207中等接洽性36153884173高接洽性212610782236算计12354164275616膨胀以获取更多
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表1.pQTLs用于每个平台（按接洽集群）。在搜检器中掀开分析广度：卵白质分类和主身分分析为了捕捉Olink和Soma1.3K所拿获的已知卵白质组生物学的广度，图4自满了四种卵白质分类系统的测量卵白质漫衍。总的来说，每个平台在每个亚类中测量的卵白质数目相似。值得把稳的例外包括在Olink平台上免疫球卵白受体超家眷的扩大秘密，以及在Soma1.3K平台上更多的丝氨酸/苏氨酸卵白激酶。尽管靶向的卵白质比Olink少，但方法上较大比例的Soma1.3K靶点有黑豹谛视（92%对87%）。在最大的亚类中，Soma1.3K比Olink具有更多的代表性，而Olink卵白更常被归入低频子类别（图S2）。
图4.每个平台上的卵白质按豹卵白分类。
在四个分类系统的前20个亚类中猫色网，每个平台上的卵白质数目。Soma1.3K自满为红色，Olink自满为蓝色。统统子类别的漫衍可在图S2中搜检。
在搜检器中掀开诚然Olink和Soma1.3K从轨范卵白质类别中测量了相似数目的卵白质，但咱们试图以一种无监督的神气来了解拿获的生物的各样性。因此，接管主身分分析法（PCA）对统统这个词平台进行瓦解。通过沿着多个正交变异轴对王人卵白质变异，PCA捕捉统计变化。如所见图5A，前两个主身分（PCs）解释了Olink平台超越30%的总变化，而Soma1.3K平台的总变化约为15%。最终，Olink中95%的总变化是在较少的PC中解释的(图5B).为清亮解某些东说念主口学或临床因素是否能解释前两位患者，图5C自满年事、性别和肾脏功能，由秘密在每个平台上的前两台电脑上的eGFR进行评估。在Olink中，eGFR和age的梯度在PCs 1和2中都很赫然，而只须来自Soma1.3K的PC2与eGFR和age接洽。Soma1.3K-pc2与肾功能的关系体当今与该PC接洽的顶层卵白质中，其中包括胱抑素C和β2-微球卵白（图S3），这两种已被公认的肾功能标志物(27).在这两种平台上，性行动都与pc1或pc2无关。
图5每个平台的PCA。
(A)由每个平台向前10位PC解释的总平台互异。(B)用玄色横线记号的95%方差解释总蚁集方差。(C)每个参与者的散点图自满他们的前2个PC，并秘密eGFR、年事或性别。
在搜检器中掀开表型组合卵白质组学分析的一个主要标的是检测和知道新的疾病介质和生物标志物。咫尺的分析自满了好多预期的，先前形色的表型关联，包括cystatinc和eGFR(28)瘦素与体重指数(29)B型利钠肽与缩小压的关系(30)和白细胞介素-18受体1和血红卵白A1c(31)（表S3和S4）。图6A自满了八个紧逼近床特征的显赫关联数，在三个共同的显赫性临界点，逾越每个圆善平台。与Soma1.3K比拟，Olink平台的试剂数目稍多，标明与每个性状的关联度更高，而不管使用的显赫性阈值怎样。当只探究类似卵白时，Olink保抓了更多的表型关联，尤其是在那些与Soma1.3K接洽性较差的试剂之间(图6B).举例，当探究207个试剂对的低接洽聚类中与BMI接洽的卵白质时，106个与BMI接洽的Olink试剂P<0.05，而只须44种Soma1.3K试剂。
图6.按平台辞别的表型组合。
(A)每个平台上8个表型和三个不同显赫性阈值的关联数。(B)协会P<0.05，换取的8个表型，但仅限于来自每个平台的类似卵白。这些关联自满在与Spearman接洽性换取的漫衍上，如中所示图3动脉粥样硬化性心血管疾病；BMI，体重指数（kg/m2);eGFR，揣度肾小球滤过率（ml/min/1.73 m2);FEV1，第一秒用劲呼气量（L）；糖化血红卵白、血红卵白A1c（%）；缩小压、缩小压（mmHg）、总胆固醇/HDL、总胆固醇除以高密度脂卵白胆固醇；FDR，诞妄发现率。
在搜检器中掀开为了查考增多关联总额但不扩大接洽表型中解释的总方差的卵白质关联（这可能是测量多个高度接洽的卵白质，巧合在统一个生物路子中连合的收尾），咱们对每个平台和性状进行单独的套索记忆(表2以及图S4）。尽管测量了更多的卵白质，基于抗体的平台并不可解释每个表型中更多的总方差，而且总的来说，Olink和Soma1.3K平台解释的总方差是相似的。
表型R2奥林克（轨范差）R2 体质料1.3K（轨范差）编号卵白质奥林克编号卵白质体质料1.3K肉体质料指数0.758（0.026）0.718（0.037）152131揣度肾小球过滤速度0.655（0.058）0.643（0.053）87144血红卵白A1c型0.613（0.056）0.55（0.075）137178高度0.544（0.045）0.517（0.038）14399FEV10.575（0.052）0.579（0.049）9749算计胆固醇/高密度脂卵白0.587（0.071）0.596（0.062）6965缩小血压力0.217（0.055）0.162（0.057）5168ASCVD风险分数0.567（0.041）0.535（0.034）8184膨胀以获取更多
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表2JHS中的套索记忆模子。
在JHS的568个样本中，从每个平台上的统统卵白质中索要出8个表型的套索记忆模子。模子解释的方差和达到该方差水平所需的卵白质数目也自满了出来。FEV1，第一秒用劲呼气量。高密度脂卵白；ASCVD，动脉粥样硬化性冠状动脉风险评分。ASCVD风险评分基于合并队伍方程。
在搜检器中掀开Soma5K与Olink在传统上的比较接下来，咱们将分析从JHS膨胀到传统家眷商量，以评估咱们对Soma1.3K的不雅察是否也适用于Soma5K平台。因此，咱们用Soma5K和Olink平台分析了来自传统家眷商量的219名受试者（临床特征见表S5）(图7).共有1137个卵白质靶点类似在两个平台上。尽管样本较小，但出现了与Soma1.3K比较相似的模式。Soma5K和Olink平台上匹配试剂之间的接洽漫衍与Soma1.3K比较相似，尽管Spearman的接洽中位数较低（Soma5K为0.35，Soma1.3K为0.44），总体漫衍相似(图7B).膨胀的Soma5K平台提供了大批与可用临床特征接洽的卵白质分析(图7C);举例，有1044个与BMI接洽，787个与总/高密度脂卵白（HDL）胆固醇接洽（而在Soma1.3K平台上分别为439和243）。当仅评估类似卵白靶点的临床性状关联时，模式类似于Olink和Soma1.3K的比较：基于抗体的平台总体上自满了更多的关联，尤其是在两个平台之迤逦洽性较弱（rho<0.3）的卵白质之间(图7D).举例，当探究467个试剂对的低接洽聚类中与BMI接洽的卵白质时，174种Olink试剂与BMI接洽P<0.05，而只须122种Soma1.3K试剂。遗传性状的拉索记忆分析再次标明，额外的卵白质测量不一定会增多繁衍模子中解释的方差（表S6），尽管减少样本量使这些揣度不太巩固。
图7Soma5K和Olink在遗产中探索的比较。
血浆分析是在一个就地的遗传子集上进行的(N=219）。(A)两个平台之间惟一的UniProt标的之间的类似。(B)Olink和Soma5K上类似试剂之间的Spearman接洽性。K-均值聚类将漫衍分为三类。(C)每个平台上统统试剂与四种表型之间的表型关联P<0.05(D)协会P<0.05，换取的四种表型，但仅限于来自每个平台的类似卵白。这些接洽自满在与（B）中所见的Spearman接洽性换取的漫衍上。
在搜检器中掀开ELISA试剂考据如前所述，用于卵白质定量的高亲和力试剂平台在成果上自满出显赫的擢升，尽管在精准度方面有所亏空。总之，上述数据标明，当试剂无法根据金轨范单独测试时，与另一平台上的成对试剂的强接洽性、cis pQTL的存在或与临床特征的显赫关联不错杰出给定试剂的准确性或价值。为了更好地形色这一丝，咱们采选了四种卵白质靶点的试剂，以进一步测试一种经过考据的交易ELISA。关于每种卵白质，两种试剂中的一种具有临床接洽性或顺式pQTL（或两者俱收并蓄），而另一种则莫得。CD97在咱们的数据中自满，当用Olink试剂[β（95%置信区间）=1.06（0.81至1.31）测量时，CD97与血红卵白A1c之间存在一种先前未知的接洽，P=2.6×10?13]以及顺式pQTL，而Soma1.3K试剂莫得。当用Olink试剂[β=0.017（0.006至0.027）进行测量时，间皮素与动脉粥样硬化性心血管疾病（ASCVD）风险评分呈Olink特异性的新关联，P=0.002）以及Olink的cis pQTL。热休克卵白，70 kDa（HSP70）与体重指数（BMI）接洽联[β=1.51（0.68～2.34），P=4.0×10?4].临了，Olink测定的血管生成素样3（ANGPTL3）与BMI[β=2.37（1.05～3.69）接洽，P=4.7×10?4)一个先前在文件中提到的(32)以及Olink cis pQTL。
当用ELISA从HERITAGE或JHS中就地抽取60份样本中检测每种卵白质时，具有这些临床和/或遗传接洽性的试剂与ELISA有很强的正接洽，而另一种则莫得，这标明具接洽联的试剂实质上是在测量接洽卵白(图8).此外，在ANGPTL3的情况下，适体试剂从Soma1.3K更新为Soma5K，咱们进一步概况解说与ELISA和Olink试剂的接洽性也得到了改善(图8E).
图8.ELISA与Olink和Soma的接洽性。
在来自JHS或HERITAGE的60个就地样本中（根据样本可用性），用ELISA分析卵白质水平，并与每个亲和力平台的测量收尾进行比较。这里自满的是(A)CD97(B)间皮素(C)HSP70，和(D和E)在（A）到（D）的情况下，适配子是Soma1.3K上的特色，而（E）则是在Soma5K平台上涨级的一个新的ANGPTL3适配体。酶联免疫吸附法的统统浓度自满在对数刻度轴上，而亲和试剂的测量则是对数2-变换和缩放。
在搜检器中掀开预计对疾病卵白质组学的更深刻的知道关于改日的商量职责至关紧迫，而平和心血管表型的东说念主群是迄今为止最大的诈欺这些平台的群体之一(2，9，13，33).卵白质组学商量不错擢升疾病展望，发现新的路子，并笃定药物靶点(2，22，34).与先前受样本量收尾的卵白质组学平台比较（16）比拟，咱们数据的一个要道上风在于，它们为两个大型、表型讲究的队伍中使用最平庸的两个分析平台提供了跨多个规模的更全面的看望。诈欺这些数据，商量东说念主员不错更好地解释现存的卵白质组学数据和/或盘算改日的商量，更自满地了解每个平台的相对上风和局限性。
咱们的数据有助于发扬每个平台所提供的上风。基于适配子的卵白质测量与重复测量比拟更为一致，无论是检测批内如故批间CVs，与之前的职责一致(1，4，35，36).如若使用更多的夹杂等离子体测量，不错调动Olink平台上的CVs；然则，当仅限于两个夹杂等离子体测量时，Soma1.3K平台的解析仍然优于Olink。形成这些互异的原因尚不自满，但部分原因可能与用于Olink的极其小的样本量接洽，在某些情况下，在样本可用性有限的情况下，这自己可能被视为一种上风。Olink抗体试剂巧合亦然多克隆的，这可能会影响精密度，但也可能使其更抗招引干豫。当使用Olink数据盘算商量时，与SomaScan比拟，可能需要更大的样本量或更大的卵白质效应量来克服不雅察到的测量变异性。
要从卵白质组学分析中得出强有劲的生物学论断，准确性至关紧迫。为此，金轨范的使用是最好的，咱们和其他东说念主也曾使用LC-MS考据了一小部分但很紧迫的平台试剂子集(1，25).在零落这些平台的本钱/时候效益黄金轨范的情况下，将这些平台相互比较并与现存的遗传学数据进行比较不错匡助笃定特异性。每个平台上试剂之间的接洽性自满了三个卵白质簇的图像。在一个聚类中，两个测量值高度接洽，标明两者都具有特异性。在另一个聚类中，平均接洽性接近于零，这意味着平台测量的不是统一个标的，一个或两个分析可能不准确。临了，有一个赫然的中间态度。咱们假定这些介质接洽试剂中的好多试剂测量的是统一标的卵白，很可能是正确的，但是一个或两个平台上的试剂可能会受到与另一个卵白质的相互作用或一些翻译后修饰的不同影响。
遗传变异为支撑特异性提供了一个有用的运转正交器用。编码卵白质的基因中或近邻的遗传变异会影响血浆卵白水平(13，22–25)，因此，矍铄试剂的这些顺式pqtl不错标明它们准确地针对所述卵白质。在这项评估中，Olink占上风，因为该平台上有较高比例的卵白质具有顺式pqtl。在低接洽性的类似卵白质中，Olink平台自满出更多的pqtl，这标明在一个对每个平台的特异性存在不笃定性的集群中，Olink更有可能与特定的卵白质招引。此外，值得把稳的是，与基于适体的试剂比拟，抗体基试剂的特异性更容易通过其他生化步履得到说明。
两个卵白质组学平台咫尺都在膨胀：SomaScan也曾提供了一个比这里评估的Soma5K更宽的7K平台。诚然Olink和Soma1.3K测量的卵白质数目相似，但咱们的PCA标明，基于适配子的平台拿获了卵白质组中更多的统计互异。此外，Soma1.3K测量更多的卵白激酶，这是一个特地紧迫的亚类，因为它们动作药物靶点的服从，尽管轮回激酶在血浆中的作用还不太自满。总之，咱们的数据标明，基于适配子的平台，包括Soma5K，不错获取更平庸的统计和生物学信息。Olink平台的膨胀也在进行中，应该与膨胀的Somascan 7K进行比较。
PCA自满年事和eGFR对卵白质水平的显赫影响，解释了两种平台的显赫互异，尽管Soma1.3K平台的影响较小。这标明，当从肾功能不全的队伍中推断收尾时应该严慎，并强调了调整这些变量的卵白质测量值的紧迫性。
最终，精准性、准确性和广度会影响每个平台检测挑升旨的生物关联和主意的才调。相悖，捕捉更多杂音而不是卵白质品貌变化的试剂不太可能与精准测量的临床变量接洽。Soma5K的广度增多了检测到的关联的数目，加上其更大的统计和生物学秘密范围，可能为初步筛选或发现筛选提供了贵重的上风。然则，要道的是，当只探究类似卵白时，Olink平台检测到更多的接洽表型之间的关联，特地是在平台迤逦洽性较低的区域，克服了平台全体上略低的精准度。当将Olink与Soma1.3K或Soma5K进行比较时，不错不雅察到这种模式。这些数据，当探究到接洽性和遗传信息时，标明至少在类似试剂中，Olink的特异性可能增多找到可靠表型关联的可能性。
然则，紧迫的是要把稳到，更多的关联并不总能升沉为更多的信息。尽管测量的卵白质靶点较少，但早期的Soma1.3K平台概况解释险些相似多（如若不是更多的话）感酷爱表型的总方差，这一特征不错在预后展望或评估更平庸的疾病景况方面获益。或者，多个精准识别的卵白质记号统一个生物路子，不错增多旅途分析和生物学推断的权重。首选尊府取决于商量标的。改日的职责需要评估这些不休膨胀和调动的平台，以确保它们的最好应用。
咱们基于ELISA的实验支撑这么一个假定，即使用遗传学或表型关联来推断上述特异性或可用性是灵验的。在四个卵白质靶点上，带有顺式pQTL或表型关联的试剂也自满出与基于ELISA的检测步履的一致性，而其他试剂则莫得。在咱们的四个例子中，该试剂弥远是基于抗体的试剂，尽管完全莫得根由怀疑具有换取性格的适体不会自满出换取的模式。值得把稳的是，诚然HSP70与Olink试剂有较强的表型关联，这反过来又与ELISA测量收尾有较好的接洽性，但Soma1.3K适配子的顺式pQTL较弱（表S2）。近距离的商量标明，chr6:32604567:G:GA实质上位于6号染色体的主要组织相容性复合体区域，咱们和其他东说念主把稳到这是一个高度连锁顽抗衡的区域，可颖异扰cis-pQTL的矍铄(21，22).咱们怀疑这种变体不是HSP70的着实cis pQTL。
咱们的职责有紧迫的局限性。咱们莫得从参与者样本（而不是会聚样本）中进行重复测量，这将允许更精准的简历和算计组内接洽性的才调，这是另一个紧迫的精度标的。Soma5K平台与Olink类似的参与者数目有限，更大的样本量将擢升咱们不雅察收尾的准确性。试剂特异性的测定是在不使用LC-MS径直考据的情况下推断出来的，而LC-MS仍然是“金轨范”，跟着试剂通过这种步履冉冉得到考据，这些收尾可能会取代从这里提供的数据中得出的论断(25).由于本钱和时候收尾，咱们无法稀少笃定每种试剂的检测或定量下限，尽管这些数据可从每个制造商处获取。在咱们用ELISA进行的考据实验中，每种试剂的定量至少与ELISA测量的最低水平相似低。
总之，咱们的数据提供了大规模血浆卵白质组分析平台的空洞比较。抗体为基础的平台似乎赋予了一种卵白质对卵白质角落的特异性和表型关联，而基于适配子的步履在统统这个词卵白质组中自满出更高的重复性和更大的测量范围。在采选一个平台时，其他不可径直比较的因素也要探究，举例所需的样本量、可伸缩性和本钱。这两种步履都在多项商量中提供了极好的生物学主意，而且很可能会持续这么作念，特地是在LC-MS分析时，尽管最近有显赫的调动(37)，咫尺无法提供必要的样本婉曲量。
材料和步履商量批准JHS的商量得到了杰克逊州立大学、图加洛学院和密西西比大学医学中神思构审查委员会的批准，统统参与者都提供了书面知情原意书。东说念主类商量决议得到了华盛顿大学贝丝以色列女执事医学中心和四个传统临床中心的机构审查委员会的批准。
队伍先容了JHS和遗产家眷商量(38，39).简言之，JHS是一项基于社区的纵向队伍商量，始于2000年，商量对象来自密西西比州杰克逊大都会统计区的5306名自认黑东说念主(38).本商量包括2000年至2004年第1次访视时从568东说念主身上麇集的样本。JHS的临床特征也曾被界说(40).静息血压是通过纪录两次坐姿测量值来测量的，使用的是通过测量臂围采选的四种袖带尺寸之一，使用Hawksley就地零血压计。高血压被界说为使用降压药物或血压>140/90 mmHg。高血压休养根据患者用药清单或服药自述笃定。在第1次访视时使用轨范静脉穿刺和实验室时候进行通例实验室测量。肾小球滤过率用慢性肾脏病流行病学互助方程揣度(41).根据合并队伍方程揣度ASCVD 10年风险(42).汇总统计数据以平均值±轨范差暗意。
1992年至1997年，HERITAGE在好意思国和加拿大的四个临床中心进行了为期20周的分级耐力畅通老师商量，共招募了763名年事在17岁至65岁之间的黑东说念主和白东说念主家庭，共763名久坐不动的参与者（62%为白东说念主）(39).本商量包括219个个体的子集，在东说念主口统计学上代表了基线（老师前）、禁食血浆样本的统统这个词传统队伍。对遗传表型测量步履进行了形色(39).在适合得意环境至少5分钟后，使用适合大小的自动装配（Colin STBP-780，Colin Medical Instruments，San Antonio，TX）在禁食景况下测量两次静息血压，然后取平均值。轨范的实验室评估是使用12小时禁食，朝晨的样本。
体细胞卵白质组学分析在第1次访视时，在EDTA试管中麇集JHS血浆样本，然后保存在?70°C冷冻机(40).卵白质组学测量使用Soma1.3K，一个基于单链DNA适体的卵白质组学平台，包含1305个适体(43).非东说念主类卵白质被根除在分析除外(N=4）最终计数为1301。样品分两批进行。
在HERITAGE，血浆样本麇集在EDTA管中，并储存在?80℃，然后在三种不同浓度（40%、1%和0.05%）中稀释，并使用膨胀的Soma5K平台（4979个适配子）在单个批次中进行分析。血浆样品在卵白质组学分析前有零或一个冻融轮回。
根据制造商的夺目决议，使用索马斯康试剂进行分析(43).简言之，梭马干试剂是一种基于单链DNA的适体，经过化学修饰以增强与构象卵白表位的招引。此外，适体被氟记号，以允许轨范寡阵列阅读器检测。该步履通过多设施拿获、开释和再拿获富集过程径直测量血浆中的卵白质。血浆卵白领先与珠状固定化适体招引。适配子招引的卵白质然后被生物素化。适体卵白复合物下一步通过光交联过程开释出来。然青年物素化的卵白质与第二组链霉亲和素珠招引。经过一个洗涤设施，适体从卵白靶开释出来并麇集。荧光团记号的修饰核苷酸使用寡阵列板读卡器定量，提供相对荧光单元读数，其与样品中卵白质浓度成比例。在96孔板上进行分析，每个板上有85个孔专用于商量样品，11个孔用于质料戒指（QCs）。QC样品包括来自一个“池”的七个“校准品”血浆样品，制造商使用这些样批评估批内CV并在实验中进行轨范化；从一个不同的“QC”血浆池中麇集的四个样本用于评估跨平板的批间CV。对样本数据进行轨范化惩处，以排斥寡阵列读取器蚁合的杂交变异，然后对统统样本进行中值归一化，以排斥运行中的其他分析偏差，临了进行校准，以排斥各次测试之间的分析互异。样本是日记2-调整并缩放到平均值0和轨范差1。如若样品分批运行，则在批内完成，这在JHS中是这么，但不是HERITAGE。相当值分析接管主身分分析法（见下文）；未发现相当值。
Olink探索卵白质组学分析在JHS的一个批次和两个批次的N=88和N=121 in HERITAGE，使用Olink Explore panel（Olink Proteomics AB，Upsala，Sweden），根据制造商的解析，使用单独的瓜分试样。先容了用于Olink左券的近距离膨胀分析时候(5)，而且Olink不错使用每个样本的2.8μl进行分析。浅显地说，成对的寡核苷酸记号抗体探针与它们的靶卵白招引，如若两个探针围聚，寡核苷酸以成对的神气杂交。DNA团员酶的加入会导致一个周边依赖的DNA团员事件，为每个特定抗原生成一个私有的双链DNA条形码。随后使用下一代测序（Illumina NovaSeq）检测并量化产生的DNA序列。然后使用里面膨胀戒指和平板戒指对数据进行质料戒指和轨范化，以调整运行内和运行间的变化。最终的分析收尾以轨范化卵白抒发（NPX）值暗意，即对数2-样品分析计数与蔓延对照计数的调整比率；值越大，卵白质抒发越高。培养、蔓延和扩增的里面戒指包括在每个板上。离群值分析接管主身分分析法；在统统的JHS分析中移除了两个样本N=本商量的568。遗产分析中莫得根除样本。统统分析考据数据（检测限、批内和批间精密度数据等）均可在制造商网站上获取(www.olinkexplore.com网站).
卵白质靶点配对平台试剂卵白质靶点在这里通过它们的UniProt ID来识别(www.uniprot.org)，它惟一识别肽序列。由于卵白质频繁存在于多聚体中，一些亲和试剂针对多个单体卵白。相悖，在这两种平台上，都存在多个试剂针对统一卵白质的情况。因此，如若每个平台上的试剂针对统一个UniProt ID，则将它们配对以进行动直比较。这些试剂被标志为“类似”
比较CV诚然Soma1.3K平板包括用于算计CV的多个复成品（见上文），但为了进行此地点述的径直比较，Soma1.3K平台上的CV算计仅限于每个平板上的前两个QC样品，以匹配Olink平板上的夹杂血浆样品数目。使用每个平板上的两个轨范夹杂血浆样本算计分析内CVs，然后在统统平板上进行平均。使用来自Olink的14个夹杂血浆样品（七个平板中各两个）和来自Soma1.3K的10个夹杂血浆样品（五个平板各两个，仅第1批样品）算计分析间CV。测定每个平台的中值CV，以及10、25、75和90%的CV。因为Olink NPX值是log2-调整后，使用Olink保举的方程式算计CV：个东说念主简历=e(当然对数(2)×σ下一个Px)2?1???????????????√个东说念主简历=e(当然对数(2)×σ下一个Px)2?1与Soma1.3K的CV=σ÷μ比拟。
匹配试剂的接洽性关于每个平台上针对换取UniProt卵白的试剂，使用log算计Spearman接洽性2-调整和缩放测量。K-用均值聚类法识别接洽亚组。在elbow步履的基础上创建了三个簇。
探花视频基因分型和插补前边也曾形色了JHS中的WGS(44，45).本商量包括华盛顿大学西北基因组中心测序的精准医学转组学（TOPMed）名目冷冻6的参与者。样本收受>30×WGS。vt基因型呼唤(46)质料戒指是由密歇根大学信息学资源中心进行的(44).
JHS中WGS的关联分析对数调整和标度（平均值=0和SD=1）Soma1.3K测量值在年事、性别、批次和祖宗1到10的PC上进行了残差化，这是通过遗传揣度和推断在结构化样本中笃定的(47).然后对得到的残差进行反轨范化。Olink卵白的测量进行了换取的轨范化，但不需要对批次进行调整。这些数值和遗传变异之间的关联性通过线性夹杂效应模子进行测试，该模子根据年事、性别、遗传关系矩阵和PCS1到10进行调整，使用全基因组复杂性状分析（GCTA）软件包（版块1.93.2beta/gcta64）中已毕的fastGWA模子进行测试(48).对协变量进行重复调整，以减少I型舛讹，擢升统计才调(49).次要等位基因数少于5个的变异被根除在分析除外。
识别cis PQTLCis-pqtl被界说为与卵白质测量接洽的变体，位于靶卵白同源基因转录肇端位点的1兆碱基（Mb）内。AP阈值竖立为1×10?5探究到全基因组显赫性占30亿个碱基，将全基因组显赫性调整到2-Mb窗口可得到5×10?8×（3×10）9/2×10个6)=7.5×10?5因此，1×10?5是一个保守的阈值。
在物候扫描仪中识别先前识别的顺式pqtl为了笃定pqtl往时是否未知，咱们使用了用于R(50，51).关于以上识别的每个卵白位点关联，咱们将该位点分红1 Mb或更少的片断（如有需要，可通过PhenoScanner应用轨范编程接口进行最大允许）。收尾区域被传递给R中的phenoscanner函数，参数如下：build被竖立为“38”P值为1×10?5，catalog竖立为“pQTL”，代理竖立为“None”（查询日历：2022年4月5日）。为了补充表型扫描仪，咱们记忆了使用梭马干或Olink矍铄血浆卵白质组的遗传结构的其他商量的文件，咱们发现存三个不在气候扫描仪中(2，13，25).这些商量的收尾接管与上述换取的轨范。
用黑豹谛视卵白质黑豹分类系统()使用每个平台秘密的圆善的UniProt id对每个卵白质进行谛视，并自满每个平台上每个类别的卵白质计数。类别是根据来自任一平台的卵白质总额成列的。
主身分分析日记后2在每个平台上对测量值进行调整和缩放，以获取上述宽泛值，通过替换该卵白质的平均值来估算Olink平台上的缺失值（占统统测量值的0.2%）。Soma1.3K数据中莫得缺失值。PCA使用R4.0.2中的“tidymodels”包在每个圆善平台上履行（奥地利维也纳）。笃定了每个PC解释的百分比变化以及解释95%平台变化的PC数目。
临床性状接洽性临床特征（因变量）与对数接洽分析2-用线性记忆法测定每个平台上的升沉卵白和标度卵白（自变量）。模子根据年事和性别进行了调整。Soma1.3K卵白模子也进行了批量调整。Lasso模子适用于年事、性别和批次的各性状平台组合（JHS中Soma1.3K），并将统统卵白质输入模子。通过重复五次五次交叉考据，笃定了最小空洞均方舛讹的调谐参数。
针对ELISA的考据根据酶联免疫吸附试验（ELISA）的灵验性和一种卵白质试剂具有顺式pQTL和/或表型关联，而另一种试剂莫得的轨范，采选了四种卵白质（ANGPTL3、CD97、HSP70和间皮素）。在样本可用性允许的情况下，从JHS或HERITAGE或两者中就地采选60个样本，并使用商用试剂盒通过ELISA测定卵白质水平。ANGPTL3（#EH29RB）和HSP70（#BMS2087）的试剂盒来自Thermo Fisher Scientific，CD97（#ab213763）和间皮素（#ab216168）的试剂盒来自Abcam。根据制造商的解析，在缓冲液中一语气稀释卵白质轨范弧线。算计了60个样本中ELISA与Olink、ELISA与Soma、Soma与Olink的Spearman接洽统统rho（ρ）。关于在传统样本中测量的卵白质，适配子测量来自于Soma5K平台，除了ANGPTL3在Soma5K平台上有更新的适配子外，使用与Soma1.3K平台上换取的适配子。因此，在JHS（Soma1.3K）和传统（Soma5K）中进行ANGPTL3 ELISA测定，以进行比较。